Le traitement des déchets peut impliquer notamment des émissions de Gaz à Effet de Serre, des émissions de gaz acidifiants (NOx, SOx), des rejets atmosphériques type poussières et métaux lourds (Pb, As, Ni, Cd, etc.) et des rejets aqueux en métaux lourds (Cd, As, Pb, Hg, etc.).
Le traitement des déchets peut également impliquer une importante consommation en eau.